Tengo el siguiente código:

#include <stdio.h>  #define WLEN      32    /* word length */ #define LOGWLEN   50016 /* log word length -- round(LOG2(WLEN) */ #define SMAX      50016 /* maximum string length -- multiple of WLEN */ #define BITMAX    128   /* maximum bit string length -- round(SMAX/WLEN) */ #define ALPHASIZE 26    /* alphabet size */  typedef unsigned int WORD; typedef short unsigned int INDEX;   /* i: alpha[i] == char */  int nwords;             /* no. of words for bits */ WORD bit1[BITMAX]; WORD bit2[BITMAX]; WORD a_strings[ALPHASIZE][BITMAX]; WORD *pb1, *pb2, *t1;  WORD bitmask[LOGWLEN] =         {0x55555555, 0x33333333, 0x0f0f0f0f, 0x00ff00ff, 0x0000ffff};  void bitops(last, cur, index) WORD *last, *cur; INDEX index; {     register WORD x, y;     register int j;     register WORD *a_s;     register WORD top_borrow, bottombit;      a_s = &a_strings[index][0];     bottombit = 1;     for (j = 0; j < nwords; j++) {         y = *(last++);         x =  y | *(a_s++);         top_borrow = (y >> (WLEN - 1)) & 0x1;         y = ((y << 1) | bottombit);         if (x < y)             top_borrow = 1;         *(cur++) = x & ((x - y) ^ x);         bottombit = top_borrow;     }     return; }  void alphastrings(s, len) INDEX *s; int len; {     register INDEX *p;     register int i, j;      for (i = 0; i < ALPHASIZE; i++)         for (j = 0; j < nwords; j++)             a_strings[i][j] = 0;     p =  s;     j = len;     for (i = 0; i < j; i++)         a_strings[*(p++)][i/WLEN] |=  1 << (i % WLEN);      return; }  int bitcount(wp) WORD *wp; {     register WORD w, count;     register int j, rshift, i;      count = 0;     for (i = 0; i < nwords; i++) {         w = *(wp++);         rshift = 1;         for (j = 0; j < LOGWLEN; j++) {             w = (w & bitmask[j]) + ((w & ~bitmask[j]) >> rshift);             rshift <<= 1;         }         count += w;     }     return (count); }   int bitlcs(a, lena, b, lenb) INDEX *a; int lena; INDEX *b; int lenb; {     register int i;     register INDEX *pbstring;     register int j, k;      nwords = (lena + WLEN - 1) / WLEN;      alphastrings(a, lena);      pb1 = &bit1[0];     for (i = 0; i < nwords; i++)         *pb1++ = 0;     /*** bit1[i] = 0; ***/     pb1 = &bit1[0]; pb2 = &bit2[0];     pbstring = b;      for (i = 1; i <= lenb; i++) {         bitops(pb1, pb2, *(pbstring++));         t1 = pb1; pb1 = pb2; pb2 = t1;     }     return (bitcount(pb1)); }  int leer(INDEX * s) {     int c, index, i = 0;     while((c = getchar()) != EOF && c != '\n') {         s[i++] = (int) c - 97;      }     return i; }  int main(int argc, char const *argv[]) {        INDEX stringa[SMAX];// = {1, 1, 1};     INDEX stringb[SMAX];// = {1, 2, 1};     int lenA, lenB;     lenA = leer(stringa);     lenB = leer(stringb);     printf("%d\n", bitlcs(stringa, lenA, stringb, lenB));     return 0; } 

Estoy testeándolo con 50000 letras “a” y 50000 letras “e” como entrada, para eso armé un archivo con dichas letras. El problema se dá en que cuando compilo con:

gcc -O2 miPrograma.c -o miPrograma.exe 

Y lo ejecuto con ./miPrograma.exe < strings.txt

Arroja Segmentation Fault, aunque si lo ejecuto simplemente ./miPrograma.exe y copio y pego ambos strings funciona correctamente.

Probé, además, que al debuguearlo con

gcc -O2 miPrograma.exe -g gdb ./a.out run < strings.txt 

También funciona perfectamente, por lo que no puedo ver donde se encuentra el problema. No se qué hacer, si alguien pudiera darme una mano se lo agradecería.